国土交通省は只見線の会津川口駅〜只見駅間について、JR東日本と福島県による「上下分離方式」導入のための鉄道事業申請を許可しました。
2011年7月の「平成23年7月新潟・福島豪雨」で橋梁が流されるなどの甚大な被害が発生し、現在も不通となっているこの区間ではバスによる代行輸送が行われています(路線図は下図を参照)。JR東日本と福島県は2017年6月、沿線自治体の強い意志を踏まえ、運行と鉄道施設等の保有を分離する上下分離方式を導入することを前提に鉄道により復旧することで合意しました。現在、2022年秋頃の運転再開を目指して鉄道施設等の復旧工事が進められています。
2021年11月30日(火)付で大臣が許可したのは、運行を行うJR東日本からの第二種鉄道事業許可および、鉄道施設と土地を保有する福島県からの第三種鉄道事業許可のそれぞれの申請です。これらは上下分離方式の導入に必要な鉄道事業法上の手続きで、同日、東北運輸局長が両社に許可書を交付しました。復旧後は福島県がJR東日本に対して鉄道施設や土地の貸付を行い、JR東日本は福島県に対し、一定の減免措置のもとで使用料を支払いながら列車の運行を担います。
なお、この区間の復旧工事には国の災害復旧補助制度が適用され、総工事費約81億円のうち1/3が国から補助されます。2018年6月に成立した改正鉄道軌道整備法では、上下分離方式の導入等で事業構造を変更するなどの条件を満たせば補助率が通常(総工事費の1/4)から引き上げられることが定められており、これが適用された最初の事例になります。
JR東日本は、復旧工事の進捗状況を踏まえ、具体的な運転再開日が決まったら別途告知するとしています。